Iki 1960 m. buvo ieškoma teritorinės aplinkosaugos organizavimo formų. 1945 m. buvo išskirti pirmieji 8 gamtiniai draustiniai (17,8 tūkst. ha): Punios šilo gamtinis, Metelių paukščių, Kiauneliškio kurtinių, Vizgirio maumedžių, Ratnyčios šernų, briedžių, Žagarės girios elnių – šernų, Padauguvio šernų, Žaliosios girios briedžių. Draustinių pavadinimai atspindėjo medžiojamųjų žvėrių atkūrimo tikslus. Neatsitiktinai 1948 m. dalis draustinių buvo paversti medžioklės rezervatais, o kita dalis panaikinta. Buvo įsteigta 13 medžioklės rezervatų. Atsirado naujų reikšmingų saugomų teritorijų: Kuršių nerijos, Gudų giria (Čepkeliai), Užvinčių, Dubravos ir Šešiuolių girios. Šiandien turime keturis valstybinius gamtinius (Žuvinto, Čepkelių, Kamanų, Viešvilės) ir vieną kultūrinį (Kernavės) rezervatus, penkis nacionalinius parkus (Aukštaitijos, Žemaitijos, Dzūkijos, Kuršių nerijos ir istorinis nacionalinis Trakų ) ir trisdešimt regioninių parkų.
Čepkeliai – didžiausias pelkių masyvas Lietuvoje. Tai viena iš seniausių ir unikaliausių mūsų krašto pelkių, apsupta mišku apaugusiomis žemyninėmis kopomis. Viduryje pelkės telkšo reliktiniai ežerai, kurių priskaičiuojama per 20. Raiste gausu retų gyvūnų bei augalų. Iš pelkių klodų kyšo daug mišku apaugusių mineralinių salų, turinčių net savo pavadinimus. Pietinėje raisto dalyje lėtai srūva Katros upė.
Rezervatas įsteigtas 1975 m., siekiant išsaugoti vieną seniausių ir unikaliausių Lietuvos miško pelkių, mišku apaugusias žemynines kopas, reliktinius ežerus, natūralų hidrologinį pelkės rėžimą, vertingą ir retą augaliją bei gyvūniją.
Čepkeliai – tai unikalus, žmogaus veiklos mažai paliestas pelkynų kompleksas. Didžiausius plotus užima kimininė aukštapelkė, apaugusi retomis keružėmis pušaitėmis. Rezervatas įsteigtas 1975 m., siekiant išsaugoti vieną seniausių ir unikaliausių Lietuvos miško pelkių, mišku apaugusias žemynines kopas, reliktinius ežerus, natūralų hidrologinį pelkės rėžimą, vertingą ir retą augaliją bei gyvūniją. Pietinėje dalyje aukštapelkė pamažu pereina į žemapelkes, čia plyti viksvynai, nendrynai ir karklynai. Vakariniame rezervato pakraštyje šlapiuose juodalksnynuose ir viksvynuose prasideda Musteikos upelis. Apie jį susitelkę eglynai ir mišrūs, užmirkę miškai.
Didesnė rezervato miškų dalis – tai sausi kerpšiliai ir brukniašiliai, augantys ant pelkynus supančių kopų. Čia peri rezervato simboliu tapę kurtiniai, yra didžiausios Lietuvoje gervių peryklos.
Pagrindinę rezervato dalį užima Čepkelių raistas – didžiausia (5858 ha) šalies aukštapelkė. Raistas šiauryčių–pietvakarių kryptimi tęsiasi net 14 km. Iš šiaurės ir vakarų pelkės guolį supa pušynais apaugusios žemyninės kopos. Čia rezervatas ribojasi su Dzūkijos nacionaliniu parku. Pietuose pelkę riboja, kartu ir rezervato ribą bei valstybinę sieną su Baltarusija nužymi Katros upė. Čepkelių pelkė ėmė formuotis baigiantis apledėjimui, maždaug prieš 11 tūkst. metų. Raistas plyti senovinių marių guolyje. Prieš 9 tūkst. metų sauso klimato sąlygomis vėjas supustė prieledyninių marių pakrančių smėlynus į žemynines kopas, kurios atitvėrė žemesnę prieledyninių marių lygumą. Pakilęs gruntinio vandens lygis bei vėlesnis drėgno klimato laikotarpis ypač paskatino pelkėjimo procesus. Durpių klodo storis pelkės gūbryje siekia 5 – 6 m. Šiaurytiniai ir rytiniai pelkės pakraščiai labai vingiuoti. Pelkės centre ir pietiniame pakraštyje gausu įvairaus didumo senais medynais apaugusių mineralinio grunto salų (grendų). Tai kyšančios žemyninių kopų keteros. Vandens perteklius iš Čepkelių raisto nuteka Peklos upeliu į Ūlą, Musteikos upeliu – į Grūdą, ir kanalu – į Katrą. Raisto rytinėje dalyje susitelkę ežerėliai, iš jų didžiausias ežeras – Ešerinis užima 14,9 ha. Kai kurių ežerėlių lygis truputi pažemėjo XIX a. pab., raisto pietiniame pakraštyje iškasus kanalą į Katrą.