Būsimasis partizanų vadas gimė Palangoje, Jono ir Petronėlės Žemaičių šeimoje. Kai Jonas Žemaitis pradėjo lankyti mokyklą, jų šeima jau gyveno Raseiniuose. 1926 m., baigęs šešias Raseinių gimnazijos klases, jis įstojo į Kauno karo mokyklą. Ją baigęs, 1929 m. gavo leitenanto laipsnį ir ėmė tarnauti 2-ajame artilerijos pulke kuopos vadu. 1936-1938 m. J.Žemaitis tobulinosi Prancūzijos Fontenblo artilerijos mokykloje. Baigęs stažuotę ir gavęs kapitono laipsnį, vadovavo Lietuvos kariuomenės 1-ojo, vėliau 4-ojo artilerijos pulko mokomajai baterijai.
1940 m. Sovietų Sąjungai okupavus Lietuvą, J.Žemaitis tęsė karinę tarnybą 617-ajame artilerijos pulke. Karo pradžia jį užklupo Varėnos poligone. Nors buvo gavęs įsakymą trauktis į Rytus, Jonas Žemaitis su grupe karininkų sąmoningai atsiliko ir pasidavė į vokiečių nelaisvę. Nepanorėjęs tarnauti vokiečiams, išėjo į atsargą ir apsigyveno Kaune, kur įsidarbino Energetikos valdyboje. Gimus sūnui Laimučiui, J. Žemaitis su šeima persikėlė į Kiaulininkų kaimą ir iki 1944m. dirbo Šiluvos žemės ūkio kooperatyvo vedėju.
Jau vokiečių okupacijos metais J. Žemaitis įsijungė į rezistencinę veiklą: platino antinacinę spaudą, būrė Šiluvos ir Tytuvėnų vyrus į generolo P. Plechavičiaus vadovaujamą Vietinę rinktinę. 1944 m. kovo mėn. jis buvo paskirtas Vietinės rinktinės 310-ojo bataliono vadu. Gegužės mėnesį, vokiečiams sunaikinus rinktinės štabą, J. Žemaitis pasitraukė iš tarnybos ir grįžo į Kiaulininkus.
Prasidėjus antrajai sovietinei okupacijai, Jonas Žemaitis kurį laiką slapstėsi. 1945 m. kovo mėn. jis susisiekė su Lietuvos Laisvės Armijos atstovais ir, davęs priesaiką, birželio mėn. įsijungė į Juozo Čeponio vadovaujamą partizanų Žebenkšties rinktinę Raseinių rajone. J.Žemaitis tapo šios rinktinės štabo viršininku. 1945 m. liepos 22 d. Virtukų miško kautynėse jis gavo pirmąjį kovos krikštą.
19
Paminklas J. Žemaičiui
Prasidėjo aktyvi Jono Žemaičio rezistencinė veikla. 1946 m. rugpjūčio 20 d. jis tapo Šerno rinktinės vadu. Už gerą organizacinį darbą ir sumanų vadovavimą J. Žemaitis buvo apdovanotas pasižymėjimo ženklu. 1947 m. gegužės mėn. jis, vietoje žuvusio J.Kasperavičiaus, buvo išrinktas Kęstučio apygardos vadu. Jonas Žemaitis reformavo apygardą, paskyrė naują štabo vadovybę, rūpinosi spauda. Mėgindamas centralizuoti vadovavimą, 1948 m. gegužės mėn. įkūrė Jūros (Vakarų Lietuvos) sritį ir tapo pirmuoju jos vadu. Netrukus J.Žemaitis ėmėsi organizuoti vieningą visos Lietuvos partizanų vadovybę. Prasidėjo susitikimai ir konsultacijos su kitais vadais. 1948 m. lapkričio mėn. sričių atstovų posėdyje buvo paskelbta apie Lietuvos rezistencijos vyriausios vadovybės atkūrimą. 1949m. vasario mėn. įvykusio partizanų vadų suvažiavimo metu buvo įkurtas Lietuvos laisvės kovos sąjūdis (LLKS). Jonas Žemaitis-Vytautas vienbalsiai buvo išrinktas LLKS Tarybos prezidiumo pirmininku. 1949 m. vasario 16 d. jam buvo suteiktas partizanų generolo laipsnis. LLKS Tarybos deklaracijos 8-asis punktas numatė, kad ,,atstačius Lietuvos Nepriklausomybę ligi susirenkant Seimui Lietuvos Respublikos Prezidento pareigas eina LLKS Tarybos prezidiumo pirmininkas”.
LLKS Tarybos prezidiumo pirmininko pareigas Jonas Žemaitis sėkmingai vykdė beveik trejus metus, kol 1951 m. gruodžio 2 d. po jį ištikusio insulto buvo paralyžiuotas. Dėl ligos jis buvo priverstas atsisakyti pareigų ir pusantrų metų išgulėjo drėgname bunkeryje Jurbarko rajono Šimkaičių miške netoli Pavidaujo kaimo. 1953 m. balandžio mėn., šiek tiek pagerėjus sveikatai, J.Žemaitis vėl ėmėsi pirmininko pareigų, stengėsi atstatyti nutrūkusius ryšius. Deja, 1953 m. gegužės 30 d. J. Žemaičio bunkeris buvo išduotas. Įmetę granatą su nervus paralyžiuojančiomis dujomis, čekistai jį suėmė gyvą.
Pusantrų metų J. Žemaitis buvo laikomas Vilniaus KGB kalėjimo rūsiuose, tardymui buvo nuvežtas net į Maskvą. Tačiau jis kategoriškai atsisakė dirbti okupantams, liko ištikimas karininko ir partizanų vado priesaikai.