Evoliucijos požiūriu kiekvienas organizmas yra susijęs su kitais, nusekvenavus vieną organizmą galima gauti veringos informacijos apie kitą. Sekvenuojant žmogaus genomą, vertingi galėjo būti ir kitų organizmų nusekvenuoti genomai. Tai daugiausiai lengvai sekvenuojami ir anksčiau plačiai tirti organizmai. Šie genomai pasirinkti kaip bandomieji (angl. pilot) genomai. Bandomiesiems genomams budingos bendros savybės:
1. Tai jau seniai tiriami organizmai, daug žinoma apie jų genetiką, vystymąsį ir kt.
2. Nesudėtingos laikymo sąlygos ir trumpas generacijos laikas leidžia greitai gauti rezultatus
Be to, lyginant organizmus galima gauti veringos informacijos apie universalius biologinius mechanizmus ir procesus.
Eschericia coli. Ši bakterija buvo labai plačiai ištirta biochemiškai ir genetiškai, todėl jos genomo sekvenavimas buvo prioritetinis.
Sacharomyces cerevisiae. Mielės yra vienas labiausiai tiriamų eukariotinių organizmų. Dėl aukšto homologinės rekombinacijos lygio nesunku tirti jas genetiškai, todėl labai daug buvo žinima apie mielių genų struktūra reguliaciją ir funkciją. Nemažai mielių genų turi homologus žmogaus genome (~20% žmogaus genų turi homologus mielėse). Kai kurios gyvybiškai svarbios funkcijos, pvz. DNR reparacija, yra konservatyvios žmogaus ir mielės ląstelėse, todėl mielės gali būti naudingas tokių procesų supratimo modelis. Genų tankis ~1 geną/2kb
Caenorhabditis elegans. Tai nematodas, viena iš apvaliųjų kirmėlių. Šios kirmėlės svarbios:
1. Jų skaičius pasaulyje yra didesnies nei visų kitų daugialąsčių organizmų, jos randamos visur
2. Sukelia žmonių ligas
3. Naudojama kaip modelis vystymosi tyrimuose (organizmo, nervų sistemos, senėjimo ir apoptozės)
4. Gali būti naudojama genetinėje analizėje (genų ekspresijos naudojant GFP (Green Fluorescent Protein) taip pat RNR interferencijos tyrimuose)
C. elegans genomas buvo svarbus bandomasis sekvenuojamas genomas prieš žmogaus, nes yra didelis (100 Mb). Genų tankis ~1 geną/5kb
Drosophila melanogaster. Vaisinė muselė buvo plačiai tirta keletą dešimtmečių. Politeninės chromosomos gali būti naudojamos tiksliai FISH hibridizacijai, P elemento pagalba nesunku įvesti mutacijas ir pan. Nors drozofila yra bestuburis, tačiau randama nemažai panašių genu su žmogumi. Daug konservatyvių genų yra svarbūs vystymesi, o vystymasis yra gana gerai žinomas drozofiloje.