JONO BAŽNYČIA
Į universiteto ansamblį įeina ir Jono bažnyčia, kurios statyba pradėta dar Jogailos įsakymu 1387 m. ir truko, turbūt, iki 1426 m. Bažnyčia buvo statoma senojoje turgaus aikštėje – tuometinės miestiečių gyvenvietės centre.
Bažnyčia buvo mūrinė, gotikinė, bet žymiai mažesnė už dabartinę. Keletą kartų ji buvo remontuota, tačiau gotikinė pastato architektūra beveik nepakeista.
1571 m. bažnyčia pateko į Vilniaus jėzuitų rankas, kurie ėmėsi ją kapitališkai rekostruoti, didinti ir puošti. Šių pertvarkymų metu pastatas visu savo pločiu buvo pailgintas iki Pilies gatvės ir įgavo kai kurių renesanso stiliaus bruožų. XVI a. pabaigoje – XVII a. pradžioje šalia buvo pastatyta ir varpinė. Pastaroji taip pat pasižymi renesansui būdingu ritmišku, aukštu dalijimu ir angų išdėstymu. Tik viršutinis jo aukštas, užstatytas XVIII a. viduryje, lygiai kaip ir tuo pat metu atnaujinta visa varpinės apdaila, jau yra gana įmantrių barokinių formų.
XVI – XVII a. bažnyčios šonuose buvo pristatyta visa eilė koplyčių ir kitų pagalbinių patalpų, požemiuose įrengti laidojomo rūsiai.
Didžiausi Jono bažnyčios pertvarkymo darbai buvo vykdomi po 1737 m. gaisro. Pasikeitė pastato architektūra: išmūryti nauji skliautai, pastatytas vargonų choras, didysis altorius, pagrindinis bažnyčios fasadas, presbiterijos frontonas – facita ir kt. Šią rekonstrukciją, Jono bažnyčią pavertusią puikiu barokinio meno paminklu, vykdė neeilinių gabumų meistras – vilnietis archit. J. Glaubicas. Jo atlikti aukšto meninio lygio bažnyčios pertvarkymo ir dekoravimo darbai nusipelno visuotinio pripažinimo. Ypač puikus, pasaulinio lygio, yra didysis bažnyčios altorius, vertingiausias viso jos interjero elementas. Tai netgi ne vienas altorius, o ištisa dešimties altorių kompozicija. Jie išdėstyti atskirais planais – ne vienoje plokštumoje ir skirtinguose aukščiuose, puslankiu pagal absidos kreivę. Neperkrautas puošybinių elementų, palyginti ramus altorių ansamblis, apšviestas sriauto, atrodo ypač įspūdingai.
Dar 13 barokinių XVIII a. altorių yra stovėję prie bažnyčios skliautus remiančių piliorių. Jie buvo nugriauti, rekonstruojant interjerą XIX a. trečiajame dešimtmetyje. Šių altorių vietoje ant konsolių pastatytos skulpt. K. Jelskio darbo statulos. Tada buvo uždažytos ir dvi didžiulės freskos rytiniame bažnyčios fasade. Šio, jau klasicizmo laikotarpiu daryto pertvarkymo metu neliko freskų ir kai kuriose koplyčiose bei centrinės navos skliautuose. Bažnyčios interjeras, pašalinus daugelį barokinių altorių, spalvingų freskų ir kitų puošmenų, tapo pernelyg tuščias ir nejaukus. Centrinio bažnyčios altoriaus atsvara tapo vargonų chorai su 1838 m. sumontuotu instrumentu. Tada buvo padaryti ir kai kurių šoninių koplyčių durų klasicistinio stiliaus portalai, prie pietinio koplyčios fasado pastatytas archit. K. Podčašinskio suprojektuotas keturių korintinio orderio kolonų portikas ir kt.