Dabartinėje Kauno senamiesčio vietoje, Nemuno ir Neries santakoje, žmonių gyventa dar žiloje senovėje. Gyvenvietė, iš kurios išaugo Kauno miestas, metraštininkų pirmą kartą paminėta 1361 m. Kryžiuočių antpuoliams atremti XIII a. pabaigoje buvo pastatyta mūro pilis, tapusi svarbia miesto gynybos sistemos dalimi. Daug mūšių mena jos apgriuvusios sienos. 1408 m. Vytautas suteikė Kauno miestui Magdeburgo teises. Nuo tada Kaunas pradėjo sparčiai augti, didėjo jo kaip prekybos su Vakarų Europa centro bei uosto svarba. 1441 m. pasirašius Hanzos sutartį, Hanzos miestų pirkliai atidarė kontorą, veikusią iki 1532 m. Jau XVI a. pastatyta pirmoji mokykla, viešoji ligoninė, vaistinė ir amžiaus pabaigoje Kaunas tapo vienas iš geriausiai suformuotų Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės miestų.
XVII-XVIII amžiai miestui buvo labai nepalankūs. Tai pasireiškė įvairiomis negandomis: 1665 m. rusų kariuomenės antpuoliai, 1701 m. švedų žygis į Rusiją, kurio metu buvo siaubiama Lietuvos žemė, 1657 m. ir 1708 m. maro epidemijos, 1731m. ir 1732m. gaisrai.
XVIII a. pabaigoje Kauno ekonomika kiek pagyvėjo, tačiau greitai užklupo 1812 m. karas, kurio metu Napoleono armija ties Kaunu kėlėsi per Nemuną.Karo metu miestas buvo nuniokotas net du kartus. XVIII a. pabaigoje iškastas Nemuną su Dnepru jungęs Oginskio kanalas, 1862 m. nutiestas geležinkelis, siejęs Rusijos imperiją su Vokietija, 1898 m. pradėjo veikti pirmoji elektrinė – visa tai padėjo vystytis miesto pramonei ir prekybai. Tačiau buvo vienas miesto augimą ribojęs faktorius – Kauno tvirtovės fortų statyba, trukusi nuo 1882 iki 1915 metų. Tolesnę Kauno plėtrą sustabdė Pirmasis pasaulinis karas. Iki 1919 metų Kaune šeimininkavo įvairių tautų ir valdžių (Lietuvos komunistų, pilsudskinės Lenkijos, Vokietijos) atstovai.
1919 m. rusams užėmus Vilnių, Kaune įsikūrė Valstybės taryba ir Ministrų kabinetas, kitos įstaigos. 1920 m. Vilnių okupavus klastingai, Suvalkų sutartį sulaužiusiai Lenkijai Kaunas tapo laikinąja sostine ir svarbiausiu Lietuvos miestu. 1920 metais Kaune susirinko Steigiamasis seimas, padėjęs atkurtos valstybės teisinius pagrindus. Nepriklausomybės metais Kaunas stipriai išsiplėtė, padaugėjo gyventojų, suklestėjo pramonė, buvo vystoma daugelis svarbiausių Lietuvos pramonės šakų. Klestėjo statyba, daugelis pastatų buvo pertvarkyta, pastatyta visai naujų labai reikšmingų architektūros paminklų, Aleksotą ir Vilijampolę su Centru jungė tiltai per Nemuną bei Nerį. 1924 m. pradėjo kursuoti autobusai, 1928 m. įrengtas miesto vandentiekis. Tačiau šį miesto klestėjimo laikotarpį nutraukė daugiausia žalos padariusi sovietinė okupacija.