Vilniaus universitetas
Kai 1569 m. kovai prieš vis labiau plintančias M. Liuterio idėjas į Lietuvą buvo pakviesti jėzuitai, Vilniaus vyskupas V. Protasevičius į jų rankas perdavė visus krašto švietimo ir mokyklų reikalus Jėzuitai jau 1570 m. Vilniuje atidarė savo kolegiją. Tačiau kolegija, būdama tik vidurinė mokykla, negalėjo išspręsti visų jai keliamų uždavinių. Todėl 1579 m. balandžio 1 d. vyskupas išsirūpino iš didžiojo kunigaikščio Stepono Batoro (1576 – 1586) privilegiją, leidžiančia kolegiją pertvarkyti į aukštąją mokyklą.
Ši naujai įkurta aukštoji mokykla buvo vadinama Vilniaus jėzuitų akademija. Ji turėji tik du fakultetus – filosofijos ir teologijos.
1641 m. prie akademijos buvo įsteigtas teisės mokslų fakultetas, o 1753 m. – įkurta astronomijos observatorija.
Jėzuitų ordinas 1773 m. buvo likviduotas, todėl Vilniaus akademija 1781 m. buvo pertvarkyta į Lietuvos Vyriausiąją mokyklą. Ją imta tvarkyti pagal kitų
Europos aukštųjų mokyklų pavyzdį, į mokymo programas plačiai įtraukiant ne tik tiksliųjų bei gamtos mokslų dėstymą, kurių nebuvo kitų to meto universitetų mokymo programose. Vyriausiojoje Lietuvos mokykloje dirbo įžymūs vietiniai ir iš kitų kraštų pakviesti mokslininkai – medikai J. Briotė, S. Bisis, N. Renjė, botanikai G. Forsteris, S. Jundzilas, Z. Žilibertas, P. Norvaiša, astronomas M. Počobutas, architektai M. Knakfusas, L. Stuoka – Gucevičius, dailininkas P. Smuglevičius ir kt.
1803 m. balandžio 4 d, caras aleksandras I Lietuvos Vyriausiajai mokyklai suteikė Vilniaus imperatoriškojo universiteto vardą.
Imperatoriškasis Vilniaus universitetas (1803 – 1832 m.) garsėjo savo profesoriaus ir auklėtiniais. Čia dirbo daug pasaulinio masto mokslininkų – gamtininkai broliai A. J. Sniadeckiai, L. Bojanus, medikas J. Frankas, istorikai ir literatai J. Lelevelis, G. Grodekas, I. Onacevičius, I. Danilevičius, dailininkas J. Rustemas, skulptorius K. Jelskis, architektas K. Podčašinskis ir daugelis kitų. Tuo laikotarpiu Vilniaus universitete mokėsi lenkų poetai A. Mickevičius ir J. Slovackis, lietuvių rašytojai ir švietėjai S. Daukantas, S. Stanevičius, S. Valiūnas ir kt.