XVII a. Vilniaus universitetas buvo svarbiausias LDK aukštojo mokslo žinių skleidimo, įvaldymo ir kūrybinio taikymo centras. Gamybinių jėgų raida, kultūriniai visuomenės poreikiai, ryšiai su užsienio valstybėmis skatino sklisti mokslo žinias, tačiau dėl programos ir dėstymo trūkumų, scholastinio mąstymo pažintis su Europos mokslo naujovėmis ir kultūros vertybėmis dažnai buvo vienpusiška, o kai kur ir fragmentiška. Universitete dėstomų dalykų atranką ribojo bendri visos Europos jėzuitų mokyklų nuostatai „Ratio studiorum“ (1599), nužymėję mokymo programos kryptį ir metodus. Vilniaus universitetas atstovavo kiek pereformuotai pagal XVII a. poreikius tradicinio humanitarinio mokymo krypčiai. Kai pažangiausi Europos universitetai ir pavieniai mokslininkai novatoriai XVII a. pradėjo sparčiai formuoti gamtos ir tiksliuosius mokslus, jų laimėjimai į konservatyvių, tradicinį mąstymą propaguojančių universitetų programą nebuvo įtraukiami, nes griovė senąjį geocentrinį pasaulėvaizdį, daugelį metafizikos teiginių. Vilniaus universitete reiškėsi opozicija tradicinei mąstysenai, o tai sudarė prielaidas mokslo pažangai. Nuo profesorių asmenybių, jų intelektualinio pajėgumo, drąsos priklausė mokslo pažangos galimybės.
Tautiniu požiūriu tarp gavusiųjų laipsnius XVII a. pirmoje pusėje vyravo lietuviai studentai iš Prūsijos kunigaikštystės, po jų ėjo lenkai, tad universitetas iš esmės formavo Lietuvos visuomenės intelektualumo lygį.