Saugomos teritorijos
Unikalioms Dzūkijos etnokultūrinio regiono gamtos ir kultūros vertybėms išsaugoti parko teritorijoje suformuotas tankus saugomų teritorijų tinklas. Parkas suskirstytas į 4 funkcines zonas: konservacinę, apsauginę, rekreacinę ir ūkinę. Konservacinę zoną, kuri užima 26580 tūkst. ha (47,5% teritorijos) sudaro parko teritorijoje išskirti 3 rezervatai ir 28 draustiniai: 8 kraštovaizdžio, 9 geomorfologiniai, 2 hidrografiniai, 4 telmologiniai, 1 botaninis, 1 memorialinis, 2 etnokultūriniai ir 1 urbanistinis.
Rezervatai
Griežčiausias apsaugos režimas yra 3 gamtiniuose rezervatuose, kurių bendras plotas yra 2080 ha. Juose nevykdoma jokia ūkinė veikla.
Musteikos rezervatas yra pietinėje parko dalyje, tarp Musteikos kaimo ir valstybinio Čepkelių rezervato. Jis apima pelkėtą Musteikos upelio aukštupį ir jį supančius miškus. Čia Dvarno saloje kyla aukštos ir lieknos, remiančios dangų eglės, kokių nerasi kitur Lietuvoje, paupių viksvynuose peri gervės, turtinga žoline augalija išsiskiria juodalksnynai, gausu uoksinių paukščių.
Povilnio rezervatas yra į pietryčius nuo Zervynų kaimo, Ūlos kairiojo intako Povilnio upelio aukštupyje. Jame saugomos Povilnio upelio ištakos, sufoziniai cirkai, kanjoninio tipo upelio slėnis. Čia geros sąlygos vandens ir miško paukščiams, savitos šaltinių bendrijos su turtinga samanų flora, slėnio eglynuose auga svogūninė dantažolė, virgininis varpenis, širdinė dviguonė ir kitos saugomos augalų rūšys.
Skroblaus rezervatas apima Skroblaus upelio vidurupį ir žemupį tarp Kapiniškių ir Dubininko kaimų. Jo tikslas – išsaugoti unikalų pralaužtinio kanjoninio slėnio gamtinį kompleksą, Skroblaus upelio ir jo intakų hidrografinę struktūrą ir hidrologinį režimą. Tarp Kapiniškių ir Rudnios kaimų išliko senovinės geležies liejyklos pėdsakai, ties Aukštagirio vienkiemiu yra unikali saugomų augalų rūšių radimvietė, kur nedideliame plote kartu auga raudonasis garbenis, didžiažiedė juodgalvė, tamsialapis skiautalūpis, žalsvoji naktižiedė.
Kraštovaizdžio draustiniai
Didžiausią parko draustinių dalį pagal plotą sudaro kraštovaizdžio draustiniai, užimantys net 13060 ha. Juose saugomi ne tik vertingiausi parko kraštovaizdžiai, bet ir augalų bei gyvūnų buveinės, etnografiniai kaimai.
Draustiniais paskelbtos vertingiausios didžiųjų parko upių atkarpos. Nemuno draustinis apima rėvingą pralaužtinį Nemuno vidurupio slėnį tarp Merkinės ir Krikštonių su unikaliais geomorfologiniais ir hidrografiniais elementais (raguvomis, salomis, skardžiais ir rėvomis), būdingais panemunės kaimais, archeologinėmis vertybėmis ir raguvėtų miškų biocenozėmis. Liškiavos draustinyje saugomas vienas raiškiausių Lietuvoje Nemuno vingių su istoriškai ypač vertingais piliakalniais, architektūriniu vienuolyno ansambliu, unikaliais geomorfologiniais panemunės raguvyno ir Krūčiaus upelio slėnio kompleksais. Merkio draustinis, į kurį patenka visas parko teritorijoje esantis Merkio upės žemupio slėnis ir Skroblaus žemupys, vertingas ne tik kaip slėninio kraštovaizdžio etalonas su būdingais girinių dzūkų kaimais ir archeologiniais radiniais. Pietinės ekspozicijos Merkio ir Nemuno santakos šlaituose išliko unikalios stepinių pievų bendrijos, užliejamose salpinėse pievose dar neretos griežlės, paupiuose galime sutikti ir tulžių, didžiųjų dančiasnapių, pastebėti medžiojančias ūdras. Bene gražiausias parke yra Ūlos draustinis apimantis visą parko teritorijoje esantį Ūlos upės slėnį su etnografiniais Zervynų, Mančiagirės, Žiūrų, Trakiškių ir Paūlių kaimais, aktyviomis atodangomis, vaizdingomis kilpomis, savita šaltiniuotų pašlaičių, sauspievių ir šlaitų flora ir fauna.
Kapiniškių draustinis apima unikalias Skroblaus upelio ištakas ir aukštupį su gausiais šaltiniais, platų jo slėnį su būdinga vienkieminio Kapiniškių kaimo žemėnaudos struktūra, etnografiškai vertingą Margionių kaimą. Skroblaus slėnyje ant kalkingų dirvožemių susiformavo labai savitos augalų bendrijos, čia daug saugomų augalų ir vabzdžių rūšių. Visai kitoks kraštovaizdis saugomas Lizdų draustinyje šiaurvakarinėje parko dalyje – raiškus moreninis kalvynas su giliais termokarstiniais duburiais, Lizdų, Galvinio ir Bedugnio ežerais, vertingas paežerines pelkes, Ežeryno akmens amžiaus stovykla. Daug archeologiniu vertybių ir Glyno draustinyje, kuris apima šiaurinėje parko dalyje raiškiame dubaklonyje esanti Glyno ežerą, Glynupio upelį ir penkių senovinių stovyklaviečių kompleksą.
Gamtiniai draustiniai
Gamtiniai draustiniai užima 10600 ha, nuo kompleksinių kraštovaizdžio draustinių jie skiriasi tuo, kad didesnis dėmesys skiriamas atskirų kraštovaizdžio komponentų (reljefo, augalijos, gyvūnijos) išsaugojimui.
Geomorfologiniai draustiniai
Juose saugomi charakteringi arba unikalius reljefo elementai. Dzūkijos nacionaliniame parke jie sudaro didžiausią gamtinių draustinių dalį. Net 4 draustiniuose saugomos Dzūkijos žemyninės kopos – Alkūnės kampo draustinyje į pietus nuo Marcinkonių saugomos parabolinės kontinentinės kopos, Drevių kampo draustinyje rytinėje parko dalyje tarp Marcinkonių ir Lynežerio – gūbriškosios, Marcinkonių draustinyje miškuose tarp Marcinkonių ir Mančiagirės –
kompaktiškosios kontinentinės kopos ir aukščiausia parko kopa (168,1 m virš jūros lygio), Šunupio draustinyje į rytus nuo kaimo esantis miškingas didžiųjų kopų masyvas su charakteringa flora ir fauna.
Dar trys geomorfologiniai draustiniai skirti išsaugoti charakteringiems Nemuno slėnio reljefo elementams. Uciekos draustinyje, apimančiame Uciekos ir Krušonių kaimus bei jų miškingas apylinkes Nemuno dešiniajame krante saugomi unikalūs eroziniai Nemuno slėnio šlaitų kompleksai su skardžiais ir cirkais, atsiveriančiais grioviniais intakų slėniukais. Tarp Žeimių ir Gudelių kaimų Nemuno upės vingyje esančiame Gudelių draustinyje saugoma didžiausios Lietuvoje Panaros terasinės sistemos žemutinė dalis su unikaliu tarprumbių geomorfologiniu kompleksu ir jam būdinga augalija. Pakrykštės draustinyje į pietus nuo Ryliškių kaimo galima pasigrožėti unikaliu Nemuno senslėniu ir Pakrykštės eroziniu cirku. Dzūkijos moreninių aukštumų pietinių atšlaičių reljefą reprezentuoja į šiaurę nuo Merkinės miestelio esantis Merkinės draustinis. Straujos draustinis – apima į šiaurės vakarus nuo Merkinės esantį Straujos upelio slėnį, Laujos ir Mikalauciškės ežerus, vertingus paslėnio miškus.