Čepkelių raistas plyti Pietryčių (Dainavos) smėlėtosios lygumos pakraštyje, Katros, Ūlos ir Grūdos upių plokščioje takoskyroje, 130 m NN aukštyje. Raistą supa skirtingi lygumos elementai. Vakaruose yra žemyninių kopų masyvas, šiaurėje – neperpustyta smėlėta lygumos dalis, kuri tik 2-3 m aukštesnė už raisto guolio lygumą, rytuose – to paties lygio kaip ir raistas, Katros upės salpa. Tik pietuose Čepkelių raisto riba yra sąlyginė. Čia jis pamažu pereina į Pustelnikės pelkę bei kitus pelkėtus smėlėtosios lygumos plotus, kurie netoli Musteikos kaimo irgi remiasi į kopų ruožą. Dar toliau pietuose, jau Baltarusijos ribose, kur Katra turi gilesnį slėnį, pelkių nėra, o raisto guolio lyguma, ten esanti 128 m NN aukščio, toliau tęsiasi Berštų kryptimi. Į rytus nuo Katros upės raisto guolio 130 m NN lyguma atsiremia į Lydos plynaukštę, kurios pakraščiai pakyla iki 140-150 m NN.
Klimato sąlygos. Rezervato teritorijos klimato sąlygos nustatytos remiantis Varėnos ir Druskininkų meteorologijos stočių daugiamečių stebėjimų duomenimis.
Saulės spinduliavimas. Čepkelių rezervato ir jo apylinkių teritorijoje metinė suminio spinduliavimo prietaka sudaro apie 45 % Saulės energijos kiekio, kuris pasiekia viršutinę atmosferos ribą. Vasaros mėnesiais išsklaidytojo spinduliavimo suma vos 10-15%mažesnė už tiesioginio spinduliavimo sumą, tačiau nuo spalio iki vasario mėnesio 70-75% Saulės energijos sudaro išsklaidytasis spinduliavimas.
Rezervato teritorijoje, kaip ir visame Vilniaus – Varėnos rajone, gegužės – rugpjūčio mėnesiais būna mažesnio tiesioginio ir didesnė išsklaidytojo spinduliavimo prietaka. Tai susiję su didesniu konvekciniu debesuotumu šiame rajone.
Atmosferos cirkuliacija ir vėjai. Rezervato teritorijoje vyrauja pietinių rumbų
Ypač pietvakariniai vėjai, kurių vidutinis greitis 3-3,5 m/s.
Šiltuoju metų laiku, susilpnėjus ciklonams, vėjai sumažėja iki 2,5-3 m/s. Jie dažniausiai pučia iš vakarų. Vidutinis metinis vėjo greitis rezervato teritorijoje apie 3 m/s, vos ne du kartus silpnesnis kaip pajūryje. Daug mažiau čia per metus ir dienų su stipriais (daugiau kaip 15 m/s) vėjais – tik apie 6 dienas, tuo tarpu pajūryje – 22-30 dienų.
Terminis režimas. Pietrytinė Lietuvos teritorija, kurioje yra Čepkelių rezervatas, turi savitas klimato sąlygas. Pavasarį ir vasarą vidutinė mėnesinė oro temperatūra čia vidutiniškai 0,5-1,0° aukštesnė negu kituose respublikos rajonuose. Šilčiausio liepos mėnesio vidutinė temperatūra 17,7°C, o šalčiausio sausio – 5,4°C.
Nagrinėjamoje teritorijoje anksčiausiai (vidutiniškai rugsėjo pabaigoje) prasideda ir vėliausiai (gegužės antrosios dekados pabaigoje) baigiasi šalnos, t.y. čia trumpiausias laikotarpis be šalnų – apie 130 dienų, net 35 dienom trumpesnis negu pajūryje ir apie 15-20 dienų trumpesnis negu šiaurės ir šiaurės rytų Lietuvoje. Dažnesnės šalnos Varėnos apylinkėse susijusios su čia vyraujančiais šilumai laidžiais, taigi labiausiai naktį atšalančiais, smėlio dirvožemiais.
Oro drėgnumas. Vidutinės metinės santykinio drėgnumo reikšmės Lietuvos teritorijoje skiriasi nedaug ir nagrinėjamoje vietovėje sudaro 80-81%. Didžiausios jo reikšmės čia būna lapkričio mėnesį – 90 %. Žiemą jis vidutiniškai sudaro 84-89%, pavasarį, kilant temperatūrai, o dažniau įsiveržus sausoms kontinentinėms oro masėms gegužės mėnesį, sumažėja iki 68 %. Vasaros mėnesiais santykinis oro drėgnumas didėja iš lėto (71-77%), o rudenį gana intensyviai.
Atmosferos krituliai ir sniego danga. Čepkelių rezervato apylinkėse, kaip ir visame Pabaltijyje, krituliai susiję su ciklonine veikla, kuri intensyvi visais metų laikais, ypač žiemą. Konvekciniai krituliai net vasarą sudaro nedidelę dalį. Čepkelių rezervato rajone šaltuoju laikotarpiu iškrinta apie 180 mm kritulių, arba 29% metinio kritulių kiekio. Šiltajam laikotarpiui tenka 440 mm kritulių, t.y. net 71% metinio jų kiekio.
Per metus daugiausia kritulių būna liepos-rugpjūčio, o mažiausiai sausio-kovo mėnesiais. Sniego atsiranda vidutiniškai lapkričio 20 dieną, o nutirpsta balandžio 9 dieną. Pastovi sniego danga susiformuoja paprastai apie gruodžio 25 dieną ir išsilaiko iki kovo 10-12 dienos. Žiemos čia palyginti šiltos ir dažnai nebūna pastovios sniego dangos.
Pagrindinę rezervato dalį, apie 70% ploto, užima Čepkelių raistas (pelkė). Tai viena didžiausių (5858 ha) respublikos aukštapelkių. Čepkelių raistas – labai įdomus ir savitas gamtinis kompleksas. Jam būdingi išsivysčiusios aukštapelkės bruožai.
Čepkelių raistas yra pailgos netaisyklingos formos, iš šiaurryčių į pietvakarius nutįsęs masyvas. Tačiau ilgiausia pelkė (14 km) yra vakarų-rytų kryptimi. Pelkės pakraščiai labai vingiuoti, bendras jų ilgis apie 83 km. Vakarinis ir šiaurvakarinis pakraščiai, kur pelkė šliejasi prie aukštų kopų, lygesni. Šiaurinėje dalyje yra trys dideli kyšuliai ( 1,0-2,5 km ilgio ir 200-500 m pločio), atskirti sausumos ruožų. Šiaurrytiniai ir rytiniai pelkės pakraščiai labai vingiuoti, su daugybe nedidelių įlinkių ir kyšulių. Pietrytinis ir pietinis pakraščiai tiesūs. Tik pačiame pietvakariniame kampe į pelkės masyvą giliai, apie 2 km, įsiterpia sausuma, o greta yra panašaus dydžio pelkės įlinkis.
Vidurinėje
pelkės masyvo dalyje ir visame pietiniame jo pakraštyje gausu įvairaus didumo salų (grendų). Tai kontinentinių kopų likučiai. Daugelis jų yra pailgos formos, vieną du metrus iškilusios virš pelkės paviršiaus. Pavienės ir grupėmis ovališkos grendos pūpso visame šiauriniame pelkės pakraštyje. Iš viso pelkėje priskaičiuojama 80 salų ir salelių. Salos suteikia pelkiniam kraštovaizdžiui specifinių bruožų, yra estetiniai kraštovaizdžio komponentai. Jos išsiskiria dirvožemiu, brandžiu miško medynu ir gyvūnija.