1939m. Tarybinės Rusijos valdžia Lietuvoje dislokavo per 153 ginkluotų Tarybų Rusijos karinių dalinių ir junginių. Taip prasidėjo didžiausias pavojus lietuvių tautos likimui kurio dar Lietuva niekad nematė. Rusijos valdžios nutarimu 1941 metais buvo pradėta tremti Baltijos šalių gyventojus į Sibirą. Lietuvių tremtis kuri pasibaigė 1953 (numirė Stalinas ir tremtiniai tapo laisvi) metais, tai buvo pats didžiausias etnocidas per visą Lietuvos istoriją. Lietuvai buvo padaryta didžiulė žala tiek materialinių , tiek moraliu atžvilgiu. Trėmimo metu Sibiran buvo išvežta beveik 300 tūkst. Lietuvos piliečių. Daug jų mirė transportuojant juos traukiniu ir daugiau kaip trečdalis iš jų mirė dėl labai atšiaurių gyvenimo sąlygų. SSRS turėjo ir savitą strategiją norėdami dar labiau susilpninti Lietuvą pirmiausia buvo tremiami “šviesesni”, turtingesni Lietuvos piliečiai, kad Lietuvai liktų kuo mažiau šansų pasipriešinti okupacijai.
Dislokavus karinius dalinius, prasidėjo visiška jų savivalė. Tarybų valdžia galėjo suteikti, bet kokius reikalingus objektus kariuomenei, tačiau niekaip nebegalėjo kontroliuoti jos veiklos. Kariniai padaliniai nederindavo savo veiksmų su jokiomis vietinėmis civilinėmis organizacijomis. Kariniai daliniai įsikurdavo draustiniuose, regioniniuose parkuose, strategiškai svarbiuose objektuose. Buvo žinoma, kad kiekviename rajone veikė bent po vieną karinį dalinį. Maža to daug užimtų vietų buvo paskelbtos uždaromis užsienio piliečiams, siekiant išlaikyti slaptumą. Kariuomenės nepaisydamos nieko Lietuvoje paliko daug ekologinių problemų. Lietuvos ekspertams patikrinus 462 militaristinius objektus sukurtus SSRS buvo rasta galybė ekologinių pažeidimų. Buvo sudaryta apytikslė sąmata ekologinei žalai ištaisyti – 1,7823 milijardo JAV dolerių (Tai realūs faktai kurių užginčyti neįmanoma)